《宝可梦：驯兽师》与夜雨之前的作品不同，不再仅有任务和玩法，而是首次加入了完整的剧情模式。玩家需独立完成一周目的主线剧情后，方可解锁联机功能。
联机模式的内容和体验与单机剧情截然不同，更侧重于玩家之间的互动与竞技。
在一周目剧情中，玩家扮演一名刚刚通过考核、加入青云宗的新人驯兽师。
宗主玄霄子会拿出三枚灵兽蛋供玩家选择，也就是经典的“御三家”：
水属性的水灵龟
火属性的火蜥蜴
草属性的葱头王八
这三种都是修真界中性格温和、适合初学者签订契约的灵兽。尽管各大宗门都掌握其基本的进化与培养方法，但它们普遍存在修为上限较低的问题，通常最高只能达到元婴期。
云芽并没有直接照搬《宝可梦》中固定的线性进化模式，而是借鉴了更贴近修真界灵兽培养现实的《数码宝贝》式网状进化体系。
同一只灵兽可根据不同的培养方式、进化材料、环境因素及其自身资质，走向截然不同的进化分支。
以水灵龟为例，其本身实力较弱，修为上限通常仅至筑基期。
但若在筑基期时使用十颗水灵石与两颗水灵丹进行突破，它便会进化为“清波玄龟”——该形态不仅水灵力显着增强，修为上限也将提升至金丹期。
而若改用十颗冰灵丹、一颗玄冰石，并经常让它处于冰灵力充沛的环境中，它则会进化为“玄冰灵龟”。
这一形态虽会损失部分水灵力操控能力，却可驾驭变异的冰灵力，实战能力反而更胜清波玄龟。
而像火属性的火蜥蜴，你可以继续提高其火灵力的控制，进化成更加暴力的火灵力控制的炽尾蜥，你也可选择增强其体内稀薄的龙族血脉，通过长期以“赤龙粉”喂养，引导它进化为龙脉更强的“炎脊龙蜥”。
尽管后者在火灵力控制上稍逊于炽尾蜥，但它具备更强的成长潜力——下一阶段可进化为“赤虬”，修为上限提升至元婴期，并有机会在元婴后进一步蜕变为“焰角鳞龙”，成为真正的化神期灵兽！
这些进化路径并非来自兽门宗，而是云芽身为妖精所掌握的独特知识。
妖精本身就像一个活体知识库，其最大特点在于全族共享同一知识网络。因此妖精天生便是“生而知之者”，云芽完美继承了整个妖精族群自古积累的庞大信息，其中包括诸多超古代妖兽的进化方法与路线。
不过，这套知识获取机制也有些“蛋疼”：只有妖精主动思考某个问题时，相应的答案才会从共享网络中突然浮现。
以云芽为例，如果你问她某种灵兽该如何进化，若她不愿回答，她是真的“不知道”；唯有当她主动思考这个问题时，妖精共享神经网络才会将答案传递给她。
如果一个妖精不想透露某项知识，即便你对其搜魂，也将一无所获。
正因如此，修真界中几乎无人试图通过杀害妖精来夺取知识——
在夜雨看来，这实在是一种极其高效的自我保护机制。
也有人猜测，妖精其实拥有一套迥异于其他妖兽的转生机制。我们所见的每一个妖精个体，实际上很可能是“妖精王”远程操控的单位——为了尽可能广泛地收集信息，妖精王同时操控着成千上万个这样的单位，并赋予它们基本的应答与交互能力。
每一个妖精在日常中所获取的知识，都会实时传回给妖精王，由其统一处理、整合与存储。
这也解释了为何所有妖精都表现出高度一致的思维模式与兴趣爱好——因为它们本质上都只是妖精王的分身，所谓的“个性”，其实都源自同一个意识体的操控。
更关键的是，这些分身并不具备独立的大脑或神魂结构，它们仅负责信息采集与表象反馈，所有看似自主的思维活动，实则都来自妖精王的远程指令。
正因如此，即便有人对妖精使用搜魂术，所能探查到的也只会是一片虚无——它们本就不是完整的生命体，只是信息回传的终端。
不过这些无论是夜雨还是玩家都不会关心，大家都更想知道其培育方法的真实性和获取办法。
夜雨将部分培育方案给了兽门宗，兽门宗作为驯兽师第一大宗，自然不是酒囊饭袋，经过实验和推算，兽门宗对这些培育方法给表示了认可。
至于在游戏中如何获取这些信息，答案就在于大家所熟悉的“图鉴系统”。
每只灵兽都会像《数码宝贝：网络侦探》那样，显示其可能的进化形态以及对应的进化条件。
如果该形态尚未被遇见或者进化激活，图鉴中只会显示一个黑色的轮廓。
游戏中的进化过程并不轻松——尽管获取进化道具比现实中稍容易一些，但真正的难点在于数值门槛。
并非所有火蜥蜴都能进化为炎脊龙蜥。
正如《数码宝贝：网络侦探》的玩家所知，若数码宝贝的“才能”不足，即使等级达到99，某些进化条件依然无法满足，光明兽就是典型例子，他的进化条件需要高额的智力，玩家需要足够的才能给智力加点才能完成进化。
数码宝贝可以靠进化退化来提高个体的才能，但现实中的灵兽不能啊！
有些火蜥蜴即便修为突破至筑基期，因为本身先天不足，即使按照图鉴培养，仍无法满足进化条件，一旦错过跨境突破这一关键窗口，它可能终生都只是一只火蜥蜴。
因此，云芽借鉴了《宝可梦》的设定，保留了种族值、个体值与性格等系统，这些都将影响灵兽的修为成长与数值变化。
玩家可以通过图鉴识别，查看到自己契约的灵兽各个数值：修为等级、灵力数值（蓝条）、五行适应性（特攻和特防）、物攻、物防、速度、体力值(hp）。
同时还有就是各个灵兽已经掌握的技能，和能学会的技能。
图鉴甚至提供了如何培养，能让灵兽学会某项技能，技能学习进度。
这些数值并非云芽凭空编造，而是由兽门宗与仙盟专业人士通过反复实验，将现实中灵兽的能力进行量化所得。
这一步至关重要——进化所需的数值必须高度精确，否则若游戏中可达成、现实中却因偏差失败，反而会误导修士、害人不浅。
为此，兽门宗与夜雨合作，将“小灵通”升级至3.0版本，新增图鉴数值扫描与鉴定功能。
以前兽门宗鉴定只能鉴定灵兽的所掌握的能力和大致评级，为了能力数值量化，兽门宗头都快撸秃了才有这点进展。
也就是这原因，《宝可梦：驯兽师》第一版上线，满图鉴只有386只！
兽门宗对这试水版还是很满意，但对于云芽和夜雨来说，严重差评！
驯兽师发展这么多年了，竟然就这数量！
丢脸！
玩家论坛对该作的剧情、玩法都表示认可，唯独对图鉴数量进行声讨也能体现出玩家对这数量也不买账！
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