彼岸花诅咒案告破后不久，柯南和灰原哀又被卷入了一起看似寻常却暗藏玄机的案件。在城市的一家医院里，接连出现病人术后离奇死亡的事件。这些病人手术原本都很成功，但术后却在短时间内突然离世，死因不明。
柯南和灰原哀受警方邀请来到医院调查。他们首先找到了负责这些手术的外科医生，医生一脸无奈和焦虑，“我实在想不通，手术过程一切顺利，病人的情况也稳定，怎么会突然死亡呢？”
柯南和灰原哀决定从尸体检验报告入手。在医院的停尸间，他们遇到了医院的天才法医——安室透。安室透年轻有为，在法医领域有着极高的声誉，他对每具尸体都进行了详细的解剖检验，但并未发现明显的致死原因。
“从尸体的表象来看，没有外伤，器官也没有突发的病变，就好像是某种无形的力量夺走了他们的生命。”安室透皱着眉头说道。
柯南和灰原哀仔细查看了尸体和检验报告，同样没有发现明显线索。但柯南注意到，这些死者都在术后被转入了同一间重症监护室。“也许问题就出在这间监护室里。”柯南说道。
他们来到重症监护室，对室内的设备和环境进行了全面检查。然而，并没有发现任何异常。就在调查陷入僵局时，灰原哀突然想到，会不会是某种特殊的药物或者毒素，在常规的检验中无法被检测出来。
安室透听后眼前一亮，“有这个可能，我之前在研究一种罕见的毒药，它能在人体内缓慢发作，并且不会留下明显的痕迹，也许可以从这个方向入手。”
于是，安室透运用自己的专业知识和先进的检测设备，对死者的组织样本进行了更深入的分析。经过一番艰苦的努力，终于在死者的血液中发现了一种极其微量的新型毒素。
柯南和灰原哀顺着这条线索，开始调查毒素的来源。他们发现，医院的药品供应渠道最近发生了一些变动，有一批新的药品供应商进入。经过深入调查，他们锁定了一名可疑人员，此人是新药品供应商的员工，曾有过犯罪前科。
警方迅速对该嫌疑人展开抓捕，并在他的住所搜出了制造毒素的工具和原料。原来，嫌疑人受雇于竞争对手的医院，企图通过在药品中添加毒素的方式，破坏这家医院的声誉。
在这起案件中，柯南、灰原哀与天才法医安室透紧密合作，成功揭开了真相。医院恢复了往日的秩序，而柯南和灰原哀也与安室透结下了深厚的友谊，他们知道，未来还会有更多的挑战等待着他们携手应对。
自此两人成立专门破悬案各种部门:第三重案组，成为日本东京警视厅特殊部队负责调查各种悬案抓捕和破解各种悬案寻找凶手，江户川柯南:每一场案子都拥有真相人性的弱点逐渐扭曲。新的挑战三人联手如何勘破悬案。
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