解决了时空风暴的危机后，艾莉丝和联盟的科研团队并没有停下探索的脚步。对神秘能量和“时空之门”的研究仍在紧张进行，他们知道，这些未知力量背后隐藏的危险随时可能再次降临。
一日，艾莉丝在科研室与科学家们探讨最新研究成果时，收到了来自宇宙考古学家团队的紧急通讯。考古学家们声音中满是兴奋与急切：“指挥官，我们在一颗古老星球上发现了一些疑似与神秘势力以及‘时空之门’相关的遗迹，这些遗迹可能蕴含着解开一切谜团的关键线索！”
艾莉丝意识到这或许是一个重大突破，立刻安排好科研室的后续工作，带领一支由科研人员和精锐士兵组成的队伍，跟随考古学家的指引前往那颗古老星球。一路上，艾莉丝满心期待又忐忑不安，她深知这次发现可能会带来前所未有的挑战与机遇。
抵达古老星球后，艾莉丝看到眼前的景象十分震撼。巨大的石质建筑残骸散落在星球表面，虽然历经岁月侵蚀，但仍能看出其曾经的宏伟与神秘。建筑上刻满了各种奇异的符号和图案，与神秘势力基地中发现的符号有着相似之处。
考古学家们早已在遗迹周围搭建好了临时研究基地，见到艾莉丝到来，立刻迎上来介绍情况：“指挥官，我们在初步勘探中发现，这些遗迹的历史非常悠久，远超我们之前的认知。从建筑风格和符号特征判断，它们很可能来自一个远古文明。而且，我们在遗迹内部检测到了微弱的能量波动，与神秘势力研究的神秘能量有着某种微妙的联系。”
艾莉丝走进一处保存相对完好的遗迹内部，这里弥漫着一股古老而神秘的气息。墙壁上的符号在黯淡的光线中闪烁着微弱的光芒，仿佛在诉说着远古的故事。科研人员们迅速展开工作，使用各种先进设备对遗迹进行全方位扫描和分析。
随着研究的深入，他们发现这些符号并非毫无规律，而是构成了一种复杂的文字系统。经过不懈努力，科研团队中的语言学家终于成功破解了部分文字的含义。这些文字记载了远古文明的一段历史：在宇宙诞生之初，存在着多个维度的空间，不同维度之间通过一种神秘的力量相互连接。而这种神秘力量，正是如今神秘势力所追寻的神秘能量。
远古文明曾经掌握了控制这种能量的方法，他们利用“时空之门”在不同维度之间穿梭，获取了强大的力量和知识。然而，过度使用这种力量引发了一场巨大的灾难，不同维度之间的平衡被打破，宇宙陷入了混乱。为了拯救宇宙，远古文明决定封印“时空之门”，并将控制神秘能量的技术和知识隐藏起来。
艾莉丝看着这些破解后的文字，心中思绪万千。她意识到，神秘势力试图打开“时空之门”的行为，极有可能重蹈远古文明的覆辙，引发宇宙的再次混乱。而要彻底阻止神秘势力的阴谋，就必须找到远古文明封印“时空之门”的方法。
就在这时，一名科研人员在遗迹的深处发现了一个隐藏的密室。密室的入口被一块巨大的石板挡住，石板上刻满了复杂的图案和符号。艾莉丝和众人合力，利用战舰上的机械装置移开了石板。
进入密室后，他们看到一个巨大的石台上放置着一个散发着柔和光芒的球体。球体表面刻满了与神秘能量相关的符号，周围环绕着一圈能量波动。当艾莉丝靠近球体时，她感觉到一股强大的力量扑面而来，仿佛在与她的意识进行某种交流。
科研人员们立刻对球体展开研究，他们发现这个球体蕴含着极其庞大的能量，而且似乎具备一种特殊的记忆功能，记录着远古文明封印“时空之门”的详细过程。通过对球体的深入解析，他们得知要封印“时空之门”，需要找到三颗特殊的能量宝石，分别代表着时间、空间和能量的平衡。这三颗宝石被远古文明分散隐藏在宇宙的不同角落。
艾莉丝深知寻找这三颗宝石的任务艰巨，但她没有丝毫退缩。她立刻与联盟总部取得联系，向议会汇报了这一重大发现，并请求总部派遣更多的舰队和科研人员协助寻找宝石。同时，她根据球体中记录的线索，制定了详细的寻找计划。
在接下来的日子里，艾莉丝带领着舰队穿梭于宇宙的各个星系之间，按照线索寻找能量宝石的踪迹。每到一个星球，他们都要面临各种未知的危险和挑战。有些星球环境恶劣，充满了致命的辐射和危险的生物；有些星球则被神秘的能量场笼罩，干扰着战舰的正常运行。
在一次探索中，他们来到了一颗被黑暗能量笼罩的星球。这颗星球上的生物都受到黑暗能量的影响，变得异常凶猛和狂暴。当舰队降落在星球表面时，立刻遭到了一群巨大怪兽的攻击。这些怪兽体型庞大，力量惊人，拥有强大的黑暗能量攻击能力。
艾莉丝和士兵们迅速投入战斗，他们利用先进的武器与怪兽展开殊死搏斗。在战斗中，艾莉丝发现这些怪兽虽然强大，但它们的行动似乎受到黑暗能量的某种限制，存在一定的规律。她指挥士兵们集中火力攻击怪兽的弱点，经过一番激烈的战斗，终于击退了怪兽。
在探索这颗星球的过程中，他们终于找到了第一颗能量宝石的线索。根据线索，他们在一个古老的遗迹中找到了那颗散发着神秘光芒的能量宝石。当艾莉丝触碰到宝石的瞬间，一股温暖而强大的力量传遍全身，她能感受到宝石中蕴含着时间的力量。
带着第一颗能量宝石，艾莉丝和舰队继续踏上寻找第二颗宝石的征程。经过漫长的航行和艰苦的探索，他们终于在一片神秘的星云之中找到了第二颗宝石。这颗宝石散发着幽蓝色的光芒，周围的空间仿佛都在它的影响下发生了微妙的扭曲，蕴含着强大的空间之力。
然而，寻找第三颗宝石的过程却异常艰难。他们根据线索来到了一个神秘的星系，这里布满了强大的能量风暴和各种未知的危险。舰队在这片星系中多次遭遇危机，战舰受损严重。但艾莉丝和队员们没有放弃，他们凭借着顽强的意志和精湛的技术，一次次化险为夷。
在一次深入星系核心区域的探索中，他们终于发现了第三颗能量宝石的踪迹。然而，宝石被一个强大的能量护盾保护着，周围还布置着各种防御机制。艾莉丝和科研人员们经过仔细研究，发现这些防御机制与神秘势力的技术有着相似之处。
他们推测，神秘势力很可能也得知了能量宝石的存在，并且试图抢先一步获取宝石。为了防止宝石落入神秘势力手中，艾莉丝决定立刻展开行动。她带领着士兵们小心翼翼地避开防御机制，利用科研人员研发的破解装置，成功突破了能量护盾，拿到了第三颗能量宝石。
三颗能量宝石集齐后，艾莉丝和舰队迅速返回神秘势力基地废墟附近的“时空之门”区域。在科研人员的协助下，他们按照远古文明留下的方法，将三颗能量宝石放置在特定的位置。当最后一颗宝石就位时，“时空之门”周围的能量发生了剧烈的变化，一股强大的封印力量开始涌现。
艾莉丝紧张地注视着“时空之门”，心中默默祈祷着封印能够成功。随着封印力量的不断增强，“时空之门”逐渐被一层光芒笼罩，最终消失在了众人的视野中。至此，神秘势力打开“时空之门”的阴谋被彻底粉碎，宇宙暂时摆脱了一场巨大的危机。
回到联盟总部后，艾莉丝受到了联盟人民的热烈欢迎和赞誉。但她知道，宇宙中仍然存在着许多未知的危险和挑战。她将继续带领联盟的科研团队和舰队，探索宇宙的奥秘，守护宇宙的和平与安宁，为联盟的繁荣和发展贡献自己的力量。
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