因为担心宇智波带土再次偷袭，自来也决定早点带漩涡长门回木叶治疗和解决他身上宇智波斑留下的暗手，而漩涡长门在答应自来也后，也希望早点治疗。于是他让小南安排好雨忍村的事务后便一起向木叶赶去。
因为担心宇智波带土会在路上偷袭，三人做了伪装，偷偷的返回木叶村，一路上因为漩涡长门觉醒了神乐心眼，可以感知到他人的恶意，在加上轮回眼因此他们还是险险的躲过了白绝的监视，顺利的到达了木叶村。因为自来也提前将情报传回木叶，五代火影纲手，早早的便准备好了治疗所需要的工作，并且为了清除宇智波斑留下的暗手，纲手查阅了初代火影千手柱间和二代所留下的关于宇智波斑的所有资料，没找到方法后，最终也只是想到了封印术可能成功。
纲手检查了漩涡长门的身体后，便开始给他做手术，虽然漩涡一族拥有强大的恢复能力，但之前的伤太重了，而且因为轮回眼的拖累，伤势一直没有恢复，而且还在透支生命，此时丢失了一只轮回眼后，身体的负担减少，使得强大的恢复能力得以释放，才恢复到现在这样的状态，但依旧处于亏损状态，必须进行手术，在做手术前，以过往的经历来看，让漩涡长门并不是十分相信木叶，由其是木叶村的高层。漩涡长门清楚的知道轮回眼对忍者来说意味着什么，他根本就不能保证在手术期间木叶的人不会对他出手。这让他很是犹豫。
在木叶村中他只相信自来也，此时的自来到在木叶村有着极高的地位，但漩涡长门知道他只能代表他自己，并不能代表木叶村的所有人，有人会在手术时出手，这才是真实的忍界，忍者为了村子可以做出任何选择都不奇怪，整个忍界从来都是自来也那样的忍者稀少，为了目的不择手段才是真实。
小南见漩涡长门抵触手术，开口道：“长门放心，五代火影一定会治好你的，很快你便可以说恢复正常了。”
“小南，我不是在担心手术，而是我担心木叶村的人会在我手术的时候出手，夺取轮回眼。有人会出手，一点也不奇怪。”漩涡长门看周围没有人，小声的对小南说道。
“长门，自来也老师和五代火影纲手一定不会的。”小南急忙说道。她有些担心长门会拒绝做手术。
“我相信自来也老师还有五代火影，但他们能代表了整个木叶村的忍者吗？并不能，而且五代火影真的可以信任吗？她自己不会对我们出手，但她是火影，只要对木叶村有益的，她都会做，即使这件事儿于她的性格不符，但为了木叶她会毫不犹豫的去做。这就是影。”漩涡长门说道。
“可是，长门如果不能尽快恢复的话，我们会更加的危险。在宇智波带土的攻击下，我们没有多少时间了。必须变强。”小南迟疑的说道。
漩涡长门仔细想了想，发现此时自己其实根本就没有选择，只能做手术。好在有小南和自来也守护，手术期间并没有发生什么大的动乱，手术也非常的成功，之后的几天，漩涡长门很快就恢复了正常。这让小南异常的高兴，同时也让他们对此时的木叶有了一丝好印象。
但接下来对宇智波斑的暗手清除，就不是那么简单了，试了很多的半法，也没有成功，最后不得用封印术暂时封印住，至于效果任如何就不知道了。
这让漩涡长门有些被动，但这已经是最好的办法了，只能如此了。好在宇智波斑的后手看上去好像需要黑绝附身才能发动术式。这让漩涡长门有一丝庆幸。不然他将几乎没有反抗的余地。
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