朱由崧在北京登基，大封文武只是一个方面，朱由崧接下来开始颁布治国新政。
第一项大力发展农耕，三年之内减免老百姓的租赋，三年以后再开始征少量的农业赋税。
朱由崧这一项是为了休养生息，更是为了取得广大老百姓的支持。
但是偌大一个国家必须得增加税收，没有经济收入怎么支撑国家机器的运转？
因此，朱由崧颁布了第二项新政，向地主和商人增加税收，按照地主拥有的田亩和庄园等面积收税，增加商人的税收分量。
这可能会遭到地主和商人的反对。为了增加执行力和杀鸡骇猴，朱由崧先惩治了一批贪腐。
首先在菜市口闹市处死了明末四公子之一的侯方域。
这位侯公子是典型的东林党，左派人物，专门跟朝廷过不去，随着武汉的左良玉父子覆灭，侯方域被押到了京师（南京），投入死牢。
朱由崧觉得让他活到现在，已经是他开了天恩。期间兵部尚书高宏图曾经派人去抄侯方域的家，侯方域的父亲侯恂闻讯逃亡。
朱由崧在北京登基，三天之后，侯方域人头落地。
这个民族的败类也算是得到了应有的下场。之所以这样说，因为历史上的侯方域并非是一个好人，不说他父一代子一代皆是东林党骨干，反对朝廷，这方面并无多大罪过。
主要是因为他为鞑子奴役汉人出谋划策，历史上他扒开过黄河，导致山东河南和直隶上百万人受灾身死，为鞑子献计，血腥镇压抗清农民起义，从这方面说，这是个双手沾满了汉人同胞鲜血的民族败类，他背叛了祖宗，甘当汉奸，死有余辜。
正因为他不但有现实的罪行，跟武汉的左良玉父子扯旗造反，还有史书上的罪行更深，鉴于他罪行累累，朱由崧才要置他于死地。
接着朱由崧又传旨，查抄了范进忠和许显仁满门。
这两个人皆是武进士出身，朱由崧去年御笔亲点，跟马金花郑成功同批的进士，朱由崧与他们同场竞技，并恩封他们御前高级侍卫，可他们不感念皇恩浩荡，竟然作奸犯科，为鞑子充当卧底，通风报信泄露军情。
正因为这两个奸细，三河镇一战，朱由崧和马金花贺宣娇险些遇难，多亏朱由崧的穿越体质和两位巾帼英雄的骁勇无敌，在万马军中杀了个几进几出，多尔衮的三万人马硬是没困住他们君臣三人，多尔衮损兵折将，反而被朱由崧追着满山跑。
朱由崧回营之后，略施小计，便使这两个奸细浮出水面，一怒之下，当时就把他们俩抓住将他们二人五马分尸。
但这事并没有算完，朱由崧一直把他装在肚子里。不是因为别的，因为这人的出身与众不同。范进忠晋商范永斗的后代，而许显仁是徽商的后代。
对于明末的商人，朱由崧在穿越前就知道他们的恶劣性质，为了牟取暴利，他们不惜出卖国家和民族的利益，把中原的铁器甚至军事情报出卖给鞑子，鞑子们能够富国强兵战无不胜，进图中原，这些奸商帮了他们很大的忙。
站在汉人民族利益的角度来说，这些商人犯下了滔天的的罪行，在穿越之前朱由松就对他们深恶痛绝。
但是对这两个武进士，朱由崧刚开始的时候并没有因为他们是奸商的后代，而歧视他们，是他们露出汉奸的本质，朱由崧才不会轻易饶过他们。
朱由松把他们在疆场五马分尸之后，消息传到京师（这里指当时的南京），锦衣卫很快就出现在范宅和许宅，很快摸清了他们两家，果然跟鞑子暗中有勾结，立即进宅抓人。
现在范家和许家两大家男女老少几百口，全部被关押南京的死牢。
朱由崧觉得现在是收拾他们的时候了。数辆囚车很快从南京被押到了北京，朱由崧传旨，先游街示威，讲述这些奸商的罪行，然后在菜市口繁华处，全部砍了脑袋。
朱由崧在此时处决这些人，无疑起到了杀鸡儆猴的作用，更重要的是，他的新政策颁布的时候，一下杀了这么多不法之徒，有商人有大地主，这下没一个人敢抗捐抗税，提出异议了。全都衷心拥护，包括朝中一些本不乐愿意的文武大臣也不敢作声了。
老百姓对朱由崧的这些新政当然更是拥护。
消息传到了江南，只有一家敢反对朝廷的新政，那便是盘踞江南的郑芝龙。
郑芝龙果然非是池中之物，听到朱由崧颁布这样的新政，勃然大怒，立即和唐王朱聿健起事，在福州称帝了，拥立朱聿健为隆武帝，宣布不承认朱由崧的大明。
原来，郑芝龙盘踞福建多年，根深蒂固，富可敌国，拥有私人军队好几万人，战舰上千艘，崇祯皇帝拿他没办法，派重兵屡次征剿都失败了，无奈之下才招抚了他，封他为南安伯，总镇福建。
郑芝龙这些年可没闲着，表面他归顺的大明，投降了朝廷。实际上他听调不听宣，他的军队也没人敢收编，福建这一带就是他的一亩三分地，他在这里当起了他的土皇帝，当地的赋税一律不上交，全部装进他的私人腰包，暗中扩充实力。
特别是崇祯皇帝驾崩之后，李自成的人马打进北京，后来又闪电般的败出了北京，满清鞑子进来了。
郑芝龙觉得机会难得，大干一场的时候到了。恰在此时，弘光帝朱由崧被扶上了宝座。郑芝龙根本不鸟这个小福王出身的弘光帝，在福建一带为所欲为。
这一年多的时间，郑芝龙之所以没有动静，有两个原因，一是他需要扯虎皮，做大旗，先是他缺乏一张虎皮。唐王朱聿键的到来，虎皮的问题算是解决了，两个人一拍即合各取所需。郑芝龙拥护他为唐王，唐王也更需要郑芝龙。
二是，他们需要出师有名。朱崧颁布新政，拿大商人和大地主开刀，这便被郑芝龙找到了借口。
现在隆武帝手下不止一个郑芝龙，还有一个反对皇权专断的东林党健将黄宗羲，拥有兵马二十万，势力范围为整个福建和广东一部分，公然宣布与朱由崧的大明朝分庭抗礼。
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