随着实验的成功进行，如何提高成功的概率成为了当前的难题，同时他们也开始在全国各地悄悄拐卖人口，并且利用奴隶和囚犯来进行人体实验。
毕竟，不管在动物的身上取得多大的成功，也不保证在一个人类身上能完全复刻出来。或许是大自然的报复吧，虽然他们在做这些的时候已经是极其隐蔽，但终究纸还是包不住火，人们在森林的深处发现了变异的，已经完全魔物化的动物，这一发现给当时的人们敲响了警钟。又或许是良心发现吧，有曾经参与丢弃实验动物的士兵表示这些都是实验失败后的产物，他们曾经在森林里长时间大量丢弃实验失败后的产物。
或许这就是报应吧，然而，那些追求长生的高层和疯狂科学家们，在事情暴露以后不但没有收敛，反而还变本加厉。或许是那些被丢弃的动物尸体由于曾经受到过许多非人实验，因此他们的怨恨也留在这片土壤里，那些在这片环境出生成长，并逐渐转变成魔物的曾经的动物们天生就对人类带有极大的仇恨。
因此，当再次有人前往这片森林的时候，它们开始展开了对人类的报复，而那些反对这项『机械飞升』实验的，也开始寻找有志之士对这些帝国高层进行声讨。然而，声讨并未起到什么实质性上的作用，这些高层为了他们的长生依旧在不停地研究，甚至已经不满足于只是利用囚犯和奴隶来进行研究了，开始把魔手伸向了贫民窟。
在这种大环境下，社会的矛盾越来越严重，逐渐到了不可调和的地步，终于，双方的第一次全面战争爆发了，这次战争席卷了整个机械文明30%的地区，双方参战军力达到了百万以上，也是在这场战争中，帝国的高层投入了大量他们进行半机械改造的动物参与了战争。
战争仅仅只持续了半个月时间便以反抗者的失败而告终了，一时间，全国人民人心惶惶，机械帝国也迎来了最黑暗的时期。
然而，哪里有压迫，哪里就有反抗。第二次全面战争在5年后爆发，虽然这次反抗军依旧是惨败结束，但是却坚持了3个月之久，战争席卷的区域也占据了全国一半的领土。
两次大战，帝国虽然都取得了最终的胜利，但是却给帝国带来了不可逆转的创伤。
直到10年之后，第3次全国战争的爆发，这一次战争席卷了全国超过80%地区，战争足足持续了3年才结束，虽然反抗军最终依旧是失败了，但是机械帝国那霸主一般的地位也受到了不少的挑战。
之后，似乎是看到了机械帝国国力开始变弱，周边的国家开始对机械帝国进行入侵，人民生活在水深火热之中。
在这期间，大大小小的战役爆发了上百场。然而即便如此，『机械飞升』计划的研究却没有一天停止。大量的战争爆发为人口的大量失踪提供了很好的借口。
而大量的战争也让士兵的人数急剧减少，一时间，机械帝国的人口数量甚至还不如巅峰时期的一半。
如此环境之下，为了抵抗周边国家的入侵，当时已经开始走下坡路的机械帝国开始大量制造半机械化改造的动物战争兵器。
这极大地补充了机械帝国兵力急剧减少的问题，由于大量的战争，竟意外让研究的进度向前推进了一大步，心脏『魔石』化的计划也从原本只有0.0001%提升到了0.01%。
虽然成功率依旧不足1%，但是他们已经开始利用战俘来进行人体实验的研究了。
『魔石化』计划作为『机械飞升』计划的最重要一环被加大了投入力度，而知晓了机械帝国正在进行这项惨无人道的恶魔一般的研究计划的国家更是举倾国之力与机械帝国爆发了一场席卷全球的战争。
机械帝国可以说是以一己之力与整个世界作为对手。
可以说，机械帝国在没落之前是长期处于内忧外患之中的，而他们菲奥蕾王室的先祖托尼·E·菲奥雷正是出生在机械帝国末期的边境一个小贵族家庭里。
虽然是被称作小贵族，但是生活条件却是比一般人来说好不了多少。这是长期的战争以及『机械飞升』研究所造成的后果。
这一点，在当时的机械帝国文明末期尤为明显。这段时期持续了将近百年的时间，在这期间，机械帝国境内几乎每天都在打仗，人们迫切地希望能尽快过上和平的日子。
受尽了压迫，看不到希望的托尼·E·菲奥雷被迫走上了一条不归路，带领着领民们踏上反抗之路。
或许他是幸运的，又或许是当时反抗的人太多，帝国高层根本就无法完全照顾过来。他因此一步一步壮大了自己的势力，最后推翻了机械帝国长达数千年的统治，成立了菲奥雷王国，而他也作为初代菲奥雷国王被后人所铭记。
由于长期战乱的原因，并没有人清楚『机械飞升』甚至是『魔石化』计划最后的研究进度究竟如何了。
毕竟，当他们在战争中获得胜利，并且找到曾经『机械飞升』和『魔石化』的相关研究所时，里面早已经人去楼空。里面的研究资料早已经残缺不全。
只能看到现场有战斗过的痕迹，只是，战斗的痕迹似乎已经过去了很远。并没有人知道当时的战斗结果如何，研究又进行到哪一步了，相关的研究资料又在哪里。
这些没有一个人知道，而长期进行着这项研究的机械帝国相关高层就仿佛是销声匿迹一般，再也没有在人前出现过。
之后，他们又花费了大量去寻找，依旧是一无所获。然而，机械帝国留下的烂摊子却让当时的世界花费了大量的时间才重新让整个世界回归到相对正常的秩序之中。
那数百年的时间，又被后世称之为『黑暗时期』。同时也是魔导士最开始诞生和萌芽的时期。
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